Skolebestyrelsen fører tilsyn med skolens drift og økonomi. Bestyrelsen er sammensat af 7 forældrerepræsentanter, 3 medarbejderrepræsentanter og 2 elevrepræsentanter. Ledelsen ved NES fungere som sekretariat for bestyrelsen. 

Bestyrelsen mødes 10 gange om året. Hertil er der løbende dialogmøder med Skanderborg Kommune og politiske udvalg. 

Der er valg til bestyrelsen hvert 2. år hvor halvdelen af de forældrevalgte medlemmer er på valg. 

Principkatalog for Niels Ebbesen Skolen
I efteråret vedtog skolebestyrelsen et nyt principkatalog for skole, som er vedhæftet i nedenstående pdf-fil.